As comissões têm o papel de discutir, organizar e implementar ações ou processos que colaboram com a melhoria e a eficácia dos serviços prestados. O Hospital Infantil Dr. Jeser Amarante Faria possui comissões em diferentes áreas com profissionais de várias especialidades: 

- Núcleo de Vigilância Epidemiológica Hospitalar
Integrantes: Susana Bastos Martins Mikowski e Pricila Samara Hille.

- Comitê Transfusional
Integrantes: Deli Grace de Barros Araújo, Ediane Menegazzo, Janaína Zago Salibian, Patrícia Brandalise, Cássio Fon Ben Sum, Consuelo B. M. Cadena Astudillo, Graziele de Miranda e Janaína de Bittencourt.

- Comissão Intra-Hospitalar de Doação de Órgãos e Tecidos para Transplantes (CIHDOTT)
Integrantes: Maria Cristina Colembergue Klujszo Utzig, Viviane Altrack Testoni, Janaína Bittencourt e Carolina Rafael Moraes.

- Comissão de Prontuário
Integrantes: Josiane Magda Camarotto D´Agostini, Francine Picolli, Shadya Koffke do Amaral, Natalie Delgado Caleffi, Sueli Stall e Marina Floriano da Silva. 

- Comissão de Manutenção Geral
Integrantes: Douglas Alves Claudio, Adriana Borba, Beatriz Papes, Diego Bisson Ferreira, Fabiano Baggenstoss, Francieli Leandro, João Alberto Ramaje Liell, Thais Felippu Portes do Amaral e Viviane Altrack Testoni.

- Comissão de Resíduos
Integrantes: Ediane Menegazzo, Susana Bastos Martins Mikowski, Fabiano Baggenstoss, Thais Felippu Portes do Amaral, Alex Sandro de Souza, Aline Pereira de Souza, Yana Picinim Sandri Lissarassa e Adriana Borba.

- Núcleo de Acesso e Qualidade Hospitalar (NAQH)
Integrantes: Camila Silva Pena, Andresa Siedschlag, Beatriz Papes, Camila Silva Pena, Carlos Henrique Gori Gomes, Carolina Rafael Moraes, Cíntia Luiza Oliva, Décio Bitencourt Zin Júnior, Diego Bisson Ferreira, Douglas Alves Claudio, Ediane Menegazzo, Fabiano Baggenstoss, Janaína de Bittencourt, Joici de Souza Santos Moser, José Acácio Testoni, Márcia Anjos, Ir. Olinda Lucio, Quésia de Araújo Grellmann, Simony Rúbia Apolinário Pinote, Susana Bastos Martins Mikowski, Thais Felippu Portes do Amaral, Thiago Boeing e Viviane Altrack Testoni.

- Comissão de Óbito
Integrantes: Tiago Neves Veras, Márcio Luís Costa Teixeira da Cunha, Cíntia Luiza Oliva e Clarice Silva.

- Comissão de Doenças Progressivas e Dor
Integrantes: Ivana C. M. Reis, Ana Karina Diener, Cláudia Bortolazzo Pinto, Consuelo B. M. Cadena Astudillo, Patrícia Brandalise, Beatriz Papes, Janaína Zago Salibian, Tairini de Oliveira Franco, Ir. Olinda Lucio, Aline Massari Tono e Thais F. Velasques.

- Comissão do Núcleo Interno de Regulação (NIR)
Integrantes: Estela Mari Galvan Cuchi, Ir. Olinda Lucio, Beatriz Papes, Camila Silva Pena, Deise Wolfgramm Beckert, Elisabete Couto, Joici de Souza Santos Moser, Residente em Pediatria em regime de rodízio, Simony Rúbia Apolinário Pinote, Susana Bastos Martins Mikovski, Thais Felippu Portes do Amaral, Tiago Neves Veras e Viviane Altrack Testoni. 

- Comissão de Terapia Nutricional
Integrantes: Juliana Almeida Dorneles, Aline Massari Tono, Jaqueline Augustin, Vanessa Amin Maçaneiro e Débora Adriana Fischer.

- Comissão de Proteção Radiológica
Integrantes: Tiago Neves Veras, Thiago Rodrigo Traesel, Rafael Oku Fernandes, José Acácio Testoni, Analice Batista Martins e Renato Dantonio Paciência.

- Núcleo de Segurança do Paciente
Integrantes: Ediane Menegazzo, Andresa Siedschlag, Beatriz Papes, Camila Silva Pena, Carolina Rafael Moraes, Cíntia Luiza Oliva, Décio Bitencourt Zin Júnior, Diego Bisson Ferreira, Douglas Alves Claudio, Fabiano Baggenstoss, Janaína de Bittencourt , Joici de Souza Santos Moser, José Acácio Testoni, Márcia Anjos, Olinda Lucio, Quésia de Araújo Grellmann, Simony Rúbia Apolinário Pinote, Susana Bastos Martins Mikowski, Thais Felippu Portes do Amaral, Thiago Boeing e Viviane Altrack Testoni.

- Comissão de Controle de Infecção Hospitalar
Integrantes: Ir. Ivete Negreli, Tiago Neves Veras, Maria Helena Correa Salustiano, Valéria Slowik da Silveira, Aline Pereira de Souza, Camila Silva Pena, Diego Bisson Ferreira, Giselle Dalcortivo, Susana Bastos Martins Mikowski, Thais Felippu Portes do Amaral, Viviane Altrack Testoni e Zelir Terezinha da Costa.

- Comissão de Farmácia e Terapêutica
Integrantes: Tiago Neves Veras, Ir. Ivete Negreli, Estela Mari Galvan Cuchi, Edmara Luciane dos Santos, Diego Bisson Ferreira, Bárbara Carol Bona, Susana Bastos Martins Mikowski e Viviane Altrack Testoni.