Os ambulatórios do Hospital Infantil oferecem consultas em mais de 25 especialidades. Mensalmente, uma média de 5 mil crianças e adolescentes são consultados por médicos especialistas.

O Hospital Infantil também conta com ambulatórios específicos para pacientes que precisam ser acompanhados pela equipe de ortopedia, para pacientes de oncologia que realizam quimioterapia e não precisam de internação e para pacientes com fibrose cística.

As primeiras consultas são agendadas pela Secretária Municipal da Saúde de Joinville, de acordo com as demandas existentes nas Unidades Básicas de Saúde. Aproximadamente 25% das consultas são disponibilizadas para pacientes de outros municípios da área de referência.