O Hospital Infantil Dr. Jeser Amarante Faria possui comissões, comitês e núcleos em diferentes áreas. Estes grupos têm o papel de organizar e implementar processos focados em otimizar os serviços.
Comissão de Acompanhamento e Monitoramento de Questões Relacionadas à Lei Geral de Proteção de Dados
Comissão de Análise das Ideias do CLIC
Comissão de Controle de Infecção Hospitalar
Comissão de Credenciais
Comissão de Dispositivos Invasivos
Comissão de Doenças Progressivas e Dor
Comissão de Ética em Enfermagem
Comissão de Ética Médica
Comissão de Farmácia e Terapêutica
Comissão de Manutenção Geral e Engenharia Clínica
Comissão de Óbitos
Comissão de Prevenção de Riscos de Acidentes com Perfurocortantes
Comissão de Prevenção e Tratamento de Lesões
Comissão de Projetos Sociais
Comissão de Prontuários
Comissão de Proteção Radiológica
Comissão de Residência Médica
Comissão de Resíduos
Comissão de Terapia Nutricional
Comissão do Núcleo Interno de Regulação
Comissão Interna de Prevenção de Acidentes
Comissão Intra-hospitalar de Doação de Órgãos e Tecidos para Transplantes
Comissão Multidisciplinar de Desospitalização Segura
Comissão Permanente de Orçamentos
Comissão Permanente de Patrimônio
Comitê Transfusional
Núcleo de Acesso e Qualidade Hospitalar
Núcleo de Segurança do Paciente
Núcleo de Vigilância Epidemiológica Hospitalar